首辅申时行虽然提倡诚意，他对理想与事实的脱节，却有一番深切的认识。他把人们口头上公认的理想称为“阳”，而把人们不能告人的私欲称为“阴”。调和阴阳是一件复杂的工作，所以他公开表示，他所期望的不外是“不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”。达到这个低标准，已经需要一番奋斗，如果把目标定得更高，那就不是实事求是了。
要消除文官中不愿公开的私欲是不可能的，因为整个社会都认为做官是一种发财的机会
，不少的小说和笔记都写到，一个人得中进士，立即有人前来出谋划策，如何买田放债，如何影响诉讼，如何利用权势作额外收入的资本。北京的一些放债人，经常借钱给穷困的京官，一俟后者派任地方官，这些债主就随同任所，除了取回借款以外，还可以本外加利，利又成本。地方官综揽民政与财政，致富的机会至多。至于官员本身，向这种社会风气投降的程度则各有不同。大多数人觉得在似合法又似非法之间取得一部分额外收入，补助官俸的不足，以保持他们士大夫阶级的生活水准，于清操无损。另有相当数量的官员，则声名狼籍，其搜刮自肥的劣迹令人愤慨。再有一部分极端人物，则属清高自负，一介不苟取于人，这绝对的道德观念，可以由古怪的南京都御史海瑞作为代表。这三者的差别，也就是文官之间不能和谐的一大原因。
中枢的管理又被官僚习气所掣肘，这是中央集权很难避免的结果。中央对很多边远县份的实际情形无法直接获知，只能依赖地方官的报告。这种文书从地方送达中枢就常常需要一个月。执笔者铺陈情事，动辄使用自古以来最为华丽的辞藻，可是他们却足不出户，所引用的统计资料也许已经一百年没有修订过。中枢的大厦坐落在无数含糊暧昧所叠砌的基础之上，于是就必须找出自己的行政管理办法。
这种办法，即以“责任”二字为交代。一个地区发生了问题，府县官自然责无旁贷。例如三千亡命之徒，丛聚为盗，当地地方官必受检举。他可以被指责为因循贻误，缺乏胆识，以致事态不可收拾；有时被检举的罪名，也可以完全相反，而被论为浮躁轻率，以致迫使亡命之徒铤而走险。这样，凡是发生事故，中枢之是否能作深入的调查研究已无关宏旨，上级总可以归罪于下级地方官。周密的调查既费周折，而如果受罚者又提出证据为自己辩护，如所出事情，在他到任之前滋生，或者其差错在于邻府邻县，或者由于上级指示错误，则法庭也无法结案。案悬不结，责任不明，必将破坏全部文官机构的规律，失去以后赏罚的标准。
因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有一千一百多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟酌一二。如果一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这一位地方官必为好官而非“浮躁”或“才力不及”。京官六年一考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。京官对这种考核总是战战兢兢，因为一旦得到一两个不良的评语，则一生事业可能立即付诸东流。本朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。在当政者来说，没有这样的办法，朝廷上就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，于是他们更要互相照顾，以作为保护安全的必要手段。
各式各样的社会关系也使他们结成小集团。出生于一省一县，是为“乡谊”。同一年考中举人或进士，是为“年谊”；同年的举人或进士就像学校里的同班一样，在原则上有彼此关照的义务，他们的考官则不消说是终身的恩师。婚姻关系，包括男女双方的远亲近属，是为“姻谊”。这多种的“谊”是形成文官派系的一个主要原因。各派系的主要人物亦即后台老板就有提拔新进的义务；私人的困难，可以协助解决，错误也可以掩饰。被提拔的和被帮助的当然会对后台老板效忠卖力，终身不渝。
申时行既然身居首辅，他不能不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们的私人派系。他有一次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法?他自己还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位?申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免，张居正一案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之间的互相信赖，与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被很多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中楼阁，最多也不过是一种理想和一种装饰。对这种看法，申时行也不能同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，一个人仍能以此作为去推行他的诚意。
即算本朝推行伦理道德以作为治国的标准，收效不如理想，可是也别无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在?如果放弃“四书”上说的正心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使两千名京官对事情有一致的看法?又如何能使一万八千名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”?我们还有什么更好的标准去教育全国约一百万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻?个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
这种伦理教育所收到的效果，可以用前面提到的邹元标为例。邹元标在1577年得中进士，时年二十六岁。当时他还没有任何官职，然而根据圣贤的教导，他竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。这一封奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔革去，降为士兵，流放于贵州的穷乡僻壤。一去五年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有獬豸的袍服。到任不久，他又上书直接批评万历不能清心寡欲。皇帝用朱笔在奏章上批“知道了”三个字，给他面子，免予追究文句的唐突。然而邹元标不识抬举，过不多久，他二次上书，奏章上的用语更无忌讳，竟说万历扯谎，有过不改，而且引用“欲人勿闻，莫若勿为”的谚语，揭穿皇帝的装腔作势，说他没有人君风度。这就不能不使万历勃然震怒，准备把这个不知感恩的谏官再次廷杖。
一个从七品的下级文官，过去对朝廷的惟一贡献只是检举了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥皇帝，其凭借者安在?万历的看法是，邹元标和其他诤谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利，即所谓“讪君卖直”。这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说，他们可以找到一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求?
既有这种人物具有这样的看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。