1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允，因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精；匪盗就擒或漏网，更多出
于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邹元标，除了上书触怒圣颜以外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学谟。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。
1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位，于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有三十三人降级或罢免，而且这三十三人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种恕道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突，因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前诤谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的人则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治?
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生罅隙。申时行用恕道待人，又鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告讦、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。皇帝从小束发受教，就听说“王者无戏言”，天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话；而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切?他之所谓“讪君卖直”，就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他
为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊?
皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢?1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉地用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。
1《宗实录》页611。
2《穆宗实录》页1597～1598；《宗实录》页153、927、1435、9877；《国朝献征录》卷17页145。《明史》卷218及《明代名人传》页1118只说明了申时行在翰林院的官职，而未提及他与万历间长期的师生关系。
3万历赏赐给申时行礼物，《宗实录》中屡有记载，如页3458、3473、3549、3565。
④《大明会典》卷52页1～5；《春明梦馀录》卷9页1～22、卷32页11～18。
⑤有关经筵的各种故事，可参看《春明梦馀录》卷9。本文的叙述是关于经筵的一般情况，有的且发生在万历朝之后，如皇帝交膝即为崇祯的事情，当日讲官为文震孟。
6《春明梦馀录》卷9页8～1o。
⑦《宗实录》页336～337、342、3669；郑晓著《今言》卷147页14；《春明梦馀录》卷9页8～9；《倪文正公年谱》卷4页25～26；deBry，se1fndsgThought页441。
⑧正德对付讲官的方法，见《继世纪闻》卷91页1o。
⑨《春明梦馀录》卷9页2、卷23页1；《震泽长语摘抄》卷ersor1system页1o9，“governntnzton”页22。内阁职责亦见于Txtonndgovernnt1Fnce页7。
⑩例如本书第七章所提到的耿定向，即以早朝为苦，见《明儒学案》卷35。
《涌幢小品》卷1页19，所记虽非万历朝事，但此种情形则属普遍。
《宗实录》页3718。
《宗实录》页3328、3418、346o、3572。
《宗实录》页3333～3336。
《宗实录》页3369、3376、3441。
《赐闲堂集》卷4页8。
《皇明经世文编》卷38o页11。
《宗实录》页3633～3634。
《宗实录》页2531、3o32；《明史》卷219页2534。
《国朝献征录》卷17页83～1o7；《明史》卷218页2525～2526。《赐闲堂集》卷19页5，申时行也自称其为人易于和人相处。
《世宗实录》页8366、8369。
《国朝献征录》卷17页83、145。钱穆著《国史大纲》页493曾对翰林院的工作有所叙述。
《宗实录》页3392～3393。
《皇明经世文编》卷38o页1o。
htnzton”页19sor1system页34、35。
文官的员额总数，据《今言》卷145页41所记十六世纪上半世纪的情形估计，京官数额则据各项报告、杂记由笔者估计。
关于官员的服饰，见《大明会典》卷61页12～13。申时行赐蟒，事见《宗实录》页2449。
何炳棣Lddersntnzton”页13～15，Trdton1stte页15～16。
《大明会典》卷6页11。
《宗实录》页3296～3298。
《治世馀闻》卷89页2、7。
《宗实录》页2871。
《皇明经世文编》卷38o页1o～11。
《四友斋丛说摘钞》卷178页92。
《宪宗实录》页1499，《日知录集释》卷3页85。
Txtonndgovernnt1Fnce页6o、64。
《大明会典》卷12、13；《春明梦馀录》卷14；htnzton”页15～16。
《宗实录》页2645～2646，2711；《明史》卷243页2764。《明代名人传邹元标》称邹之去职系得罪申时行之故，此系据《明史》，与其他资料不符，参见《宗实录》页2712。
《宗实录》页3435。
“首尾两端”的批评，原见于《赐闲堂集》，此据谢国桢《党社运动考》页28转引。
《国朝献征录》卷17页67；《赐闲堂集》卷4o页21；《明史》卷213页2479。
《日知录集释》卷3页62～63；Txtonndgovernnt1Fnce页155。
《天下郡国利病书》卷6页89；Txtonndgovernnt1Fnce页147。
《张居正书牍》卷3页21。
《海瑞集》卷48页9；Txtonndgovernnt1Fnce页152、185。
关于张居正执政的情形，可参看《明代名人传》，《明史》卷213，《明史纪事本末》卷61，朱东润著《张居正大传》，唐新著《张居正新传》。
《宗实录》页442。
《张居正书牍》卷1页9、卷2页5、卷3页2、卷4页15、卷5页7。
《张居正书牍》卷6页21～23。
《张居正书牍》卷2页17。
《张居正书牍》卷2页16。
申时行的这种态度，他的书牍中即有所反映，见《皇明经世文编》卷38o页1o～11、卷381页9。
《明史》卷11o页1376～1379；《宗实录》页41oo。
《宗实录》页2511、2514、2517、2618、2653、2747～2748、2751～2754、28o6～28o7、2986～2989。
《国朝献征录》卷17页69、75、87、94；Txtonndgovernnt1Fnce页299。
《皇明经世文编》卷324页22～24；《宗实录》页3o84～3o85。
《宗实录》页3395、3456；《明史》卷285页2597；谢国桢著《党社运动考》页29～3o；《春明梦馀录》页34、55。