1587年以后的内外形势并不平静，杨应龙在西南叛变，拜在宁夏造反，日本的关白丰臣秀吉侵占朝鲜，东北的努尔哈赤在白山黑水间发难，但内外兵事都没有像建储一事能在廷臣中引起这么多的纷纷扰扰。两万名身穿锦袍的文官所最关心的，乃是今上皇帝一旦宫车宴驾，谁将继他登上宝座。即使在常洛封为太子、常洵去河南之国之后，事情仍然没有结束。那位掩袖工谗的郑氏日夜挨在皇帝身旁，谁敢担保情况不起变化?因之有的忠耿之臣就慷慨陈辞，请求皇帝不要好色，自古以来，美人就是引诱人做坏事的一种因素。跟着就是谣言蜂起，
有的绘声绘色地描述了宫闱中已产生了各种阴谋。有人说，在宫中发现了木刻的偶像。人们普遍相信，如果一个精于巫术的人每过七天给这个偶像插上一根针，偶像所摹拟的人就会病入骨髓，百药罔效。难道贵妃郑氏真想用这种方法置常洛于死命?更令人不安的是据说还发现了皇帝和皇后的偶像。
在惶惶不安的气氛中，又出现了一件特的事情。有一个大学士沈鲤，在文渊阁的大门旁边竖立了一块木板，上面写着十项做官的戒律。每天上班的时候，他就站在牌前低声诵读，念念有辞。不久，宫中就传遍了沈阁老的谣言，据说他在一块写有怪字的木牌前面施法诅咒。皇帝十分惊，叫人把木牌取来过目，看过之后随即斥责宦官胡说八道，无事生非。
有些谣言还记录于史书。比如说恭妃王氏是一个年长的女人，在和万历邂逅相遇的时候就已经消失了青春。此后她又一目失明，所以不能继续得到皇帝的宠爱。另外一个故事则说是万历病重，自度即将不起，有一天一觉醒来，发现恭妃王氏的胳臂正枕在他的脑袋下，脸上的泪痕未干，而贵妃郑氏则无影无踪。还有一个故事提到了常洛的祖母慈圣太后。她反对皇帝弃长立幼的企图，为此和他作了一次专门的谈话：
皇太后：“如果你真要这样做，你将何以向天下臣民交代?”
皇帝：“这容易。我只要说他是一个宫女的儿子就可以了。”
皇太后：“你不要忘了，你自己也是一个宫女的儿子!”
这些捕风捉影的故事在当日不仅口耳相传，而且刊诸枣梨，印成书籍。关于王氏和万历相遇时的年龄问题，在四个多世纪以后定陵的发掘中才得到澄清，因为墓志上清楚地记载着她的出生年月，据此，她和万历相遇的那一年刚刚十六岁，万历则是十八岁。
木板印刷的发达不仅使这些书籍大为流行，而且还使一些不署名的传单和署假名的小册子不断出现，这些传单和小册子增加了北京城内的紧张气氛，使每一个人都程度不同地卷进了这个继承大统的漩涡里。有一张传单，即所谓“妖书”，竟公然声称太子不久就要被废，福王将奉召回京正位东宫，并且指出这一阴谋的参预者及其全部计划。皇帝命令东厂锦衣卫严密侦缉妖书的作者，致使整个京城为之震动，不仅名列书中的人惊恐万状，其他无关的人也不免惴惴不安。
对文官集团而言，常洛和常洵的争执，不过是把他们早已存在的冲突更加带上了感情色彩而已。就算是没有郑贵妃，也没有东林党，文官集团中的彼此隔阂和对立，已经达到了相当严重的地步。要探究它的根本，可以追溯到本朝创建之初。
历史学家似乎很少注意到，本朝以诗书作为立政的根本，其程度之深超过了以往的朝代。这在开国之初有其客观上的可能。洪武皇帝大规模地打击各省的大地主和大家族，整个帝国形成了一个以中小地主及自耕农为主的社会。朝廷又三令五申，力崇俭朴，要求文官成为人民的公仆。在这种风气之下，人们心里的物质欲望和嘴上的道德标准，两者的距离还不致相差过远，充其量也不足以成为立政上的障碍。
当张居正出任首辅的时候，本朝已经有了两百年的历史。开国时的理想和所提倡的风气与今天的实际距离已经愈来愈远了。很多问题，按理说应该运用组织上的原则予以解决，但事实上无法办到，只能代之以局部的人事调整。
这种积弊的根源在于财政的安排。在开国之初，政府厘定各种制度，其依据的原则是“四书”上的教条，认为官员们应当过简单朴素的生活是万古不磨的真理。从这种观念出发而
组成的文官集团，是一个庞大无比的组织，在中央控制下既没有重点，也没有弹性，更谈不上具有随着形势发展而作调整的能力。各种技术力量，诸如交通通讯、分析统计、调查研究、控制金融、发展生产等等则更为缺乏。一个必然的后果，即政府对民间的经济发展或衰退，往往感到隔膜，因之税收和预算不能随之而增加或减缩。
财政上死板、混乱与缺乏控制，给予官员的俸禄又微薄到不合实际，官员们要求取得额外收入也就是不可避免的了。上面说过的地方官的“常例”是一种普遍的不成文制度，亦即在规定的税额以外抽取附加税：征收白银，每两附加几分几厘，称为“火耗”；征收实物，也要加征几匹几斗，称为“耗米”、“样绢”。除此之外，一个地方官例如县令，其家中的生活费用、招待客人的酒食、馈送上司的礼物，也都在地方上摊派。对这种似合法非合法的收入，中央听之任之而又不公开承认。在各地区之间，这种收入则漫无标准，因为一个富裕的县分，税收上稍加几分，县令就可以宦囊充裕，而一个贫穷的县分要征收同样的数字，则已是极为暴虐的苛政了。这些情形使得所谓操守变成毫无实际意义。
更难于判断的是京官的操守。他们没有征收常例的机会，而全靠各省地方官以礼仪为名所赠送的津贴。银两源源不断地流入北京，尤其是在考核地方官的那一年为数更多，这就无怪乎那位独立特行的海瑞要称这种年头为京官的“收租”之年了。考核者既然接受了被考核者的津贴，还哪里谈得上一切秉公办理呢?
财政上的情况既是如此，在文官体制上，普遍使人感到困难的是各级地方官都没有实际力量足以应付环境的变化，他们没有完全驾驭下级的能力，因为各人自抽“常例”，即下级也拥有财政权；人事权则集中于北京，对下级的升降奖罚，上级只能建议而无法直接处理。
体制上有欠周全，文官集团更需要用精力量来补助组织之上的不足。这有本朝的历史记载为证。那些孔孟的信徒，在一旦需要的时候，可以不惜牺牲以完成任务。有的文官从来没有受过军事训练，却可以领导仓猝集合的民兵固守孤城，最后杀身成仁；有的文官不顾溽暑疫疾，和民夫同饮食，共起居，在洪水的威胁下抢救危险的河堤。这些好处当然不应抹杀，然则它们带有冲动性质，也多个人成分，而且常常和紧急情况一起出现。一个具有高度行政效率的政府，具备体制上技术上的周密，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符箓。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能在复杂的社会中推陈出新的结果。
这种局面不打破，文官的双重性格发展得越来越明显，这也是精与物质的分离。一方面，这些熟读经史的人以仁义道德相标榜，以发挥治国平天下的抱负为国家服务，以自我牺牲自许；一方面，体制上又存在那么多的罅隙，给这些人以那么强烈的引诱。阴与阳的距离越来越远，找出一个大家都同意的折衷办法也越来越困难。
以张居正的精明干练，他没有能解决这个问题。他的十年首辅生涯，仅仅刚把问题看清楚。他的一套改革办法使文官们感受到极大的压力而不能成功，而且招致了死后的被清算。申时行不得不把目标降低。他所说的“使不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”，就表现了他调和这阴阳两极的方针。他无意于鼓励不法，但也不能对操守过于认真。1587年京察之放宽尺度就是这种宗旨的具体说明。在他看来，嫂子已经掉进水里，决不能再像平常一样保持远距离的尊敬，而需要“援之以手”了。
就算是降低了标准，申时行也没有能达到目的。有一些自命为体现正气的年少新进，坚持“四书”中所教导的伦理观念，对1587年京察的做法表示了极大的不满。其中有一个顾宪成，所提出的抨击尤为尖锐。他和他的志同道合者决心要检举缺乏能力和操守的官员，而不惜重新撕破申时行所苦心缝补的破绽。申时行的对付办法就是把他调往外省。
所以，在立储问题还没有对京官形成普遍压力的时候，他们的内部关系已经十分紧张了。张居正的强迫命令固然失败，申时行的调和折衷也同样没有成功。在北京的两千多名文官中间，存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度，互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微，把做官看作发财致富的机会；有的人家境丰饶，用不着靠做官的收入维持生活，自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书”中的原则，有的人仅仅视为具文，拿来做职业上的口头禅，有些人却一丝不苟，身体力行。另外有一些人彷徨于上述两者之间；也有一些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。
文官之间的冲突，即使起因于抽象的原则，也并不能减轻情绪的激动。一个人可以把他旁边的另一个人看成毫无人格，他的对方也同样认为他是在装腔作势地用圣贤之道掩饰他的无能。而眼前更为重要的是，立储一事绝不是抽象的原则，而是关系到文官们荣辱生死的现实问题：因为，凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座，接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。
第三个登上皇位的永乐皇帝，如所周知，是用武力夺取了侄子建文皇帝的江山。在起兵的时候，他就大肆制造了洪武皇帝本来要传位于他、建文皇帝只是矫诏嗣位的说法。功成之后，他又大批杀戮了拒绝拥戴他的廷臣和他们的家属。第六代正统皇帝，在和蒙古瓦剌部落作战的时候被对方俘虏。廷臣和皇太后商量之后，拥立他的异母弟登极，是为景泰皇帝，俾使瓦剌不能以当今天子被其拘禁而作为谈判的要挟。最后瓦剌由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。一个国家不能同时存在两个皇帝，于是正统被称为太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则乃系软禁。七年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天顺。功成之后，拥立景泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。
1587年表面上平静无事，可是很多文官已经预感到如果皇储问题得不到合理解决，历史的惨痛教训必然会在他们身上重演。今天无意中的一言一语，一举一动，将来都可以拿来当作犯罪的证据。就算他们谨慎小心，缄口不言，也可能日后被视为附逆，未必一定能明哲保身。然而并不是所有的人都害怕这样的危险，有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会。即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。因此，除了接二连三地递上奏章以外，他们还刻印了富有煽动性的小册子和传单，闹得北京城沸沸扬扬。